Voorafgaand aan de behandeling wordt een intakegesprek gehouden. Hierin komt de gezondheid- en ziektegeschiedenis van de cliënt aan bod voor zover deze van belang zijn voor de Shiatsu behandeling. Gevraagd wordt naar ziektes, medicijngebruik, mogelijk aanwezige zwangerschap, en naar de aard van de klachten. Zijn ze chronisch, acuut, specifiek of aspecifiek. Ook wordt gevraagd of de huisarts of specialist al naar de klacht gekeken heeft. Dit is een voorwaarde voor behandeling. Deze gegevens worden bijgehouden op een behandelingsstaat die achter slot bewaard wordt.
Vervolgens wordt een standaard behandeling uitgevoerd gedurende ongeveer 45 minuten, waarbij de cliënt gedeeltelijk ontkleed op de behandeltafel ligt, zoveel mogelijk ondersteund door kussens en of rollen en bedekt met enkele handdoeken of badlakens.
De standaardbehandeling bestaat uit Klassieke/Segmentale massage en drukpunten op nek, rug, sacrum, achterkant benen, eventueel uitgebreid met hoofdmassage en/ of nekmobilisatie/release.
Er wordt zoveel mogelijk de stilte bewaard teneinde de cliënt de kans te geven zich volledig te ontspannen. Het hoofd zal zich niet laten ontspannen als die zich moet bezighouden met het bedenken van zinnige antwoorden of snedige gezegdes. Na 45 minuten rust in lichaam en geest zal de cliënt zich loom voelen, maar na een korte periode van bijkomen met een glas water, verkwikt op huis aan gaan. Al naar gelang de oorzaak van de klachten van de cliënt, kunnen er reacties op de behandeling komen. Dit varieert van moeheid tot hoofdpijn en komt meestal voort uit de afvalstoffen die vrijgekomen zijn tijdens de behandeling of door de weerzin van de geest de pijn los te laten. Meestal beperken deze voorvallen zich tot de eerste behandeling. Na 3 of 4 behandelingen vindt er een evaluatie plaats.
Knopen in spierweefsel en spierpijnen worden aangepakt met Klassieke massage, indien nodig wordt Segmentale massage toegepast. Deze massagemethodes worden sinds jaren met succes gebruikt door masseurs over de hele wereld.